一般讲的微生物肥料其实是一种菌剂，是一类微生物群体。这类微生物菌剂能够提供一种或多种对作物生长有益的微生物群落。由于农业上应用的微生物菌剂常常和草炭、泥炭、有机肥料等有机质含量较高的机质混合在一起，所以习惯上把微生物菌剂称为微生物肥料，人们俗称为“菌肥”。

     微生物菌肥的作用机理根本不同于化学肥料。能够提供一种微生物群落的叫“单一微生物肥料”或“专一微生物菌剂（肥料）”;能够提供两种以上多种微生物群落的叫“复合微生物菌剂（肥料）”。

     根据微生物的作用划分，可以将微生物菌剂划分为“固氮X菌（菌剂）”“解磷X菌（菌剂）”“解钾X菌（菌剂）”“腐解X菌（菌剂）”等。这些微生物菌剂都可以选择性地为农业生产服务。微生物肥料的作用主要是提供对作物生长有益的“微生物群落”，而不是“营养元素”。这些有益的微生物施到土壤中后，能产生各种不同作用。微生物在土壤中的生活，活动，可产生很多代谢产物或分泌物，这些分泌物对作物的生长有刺激作用。总的来讲，微生物肥料的作用就是X菌的固定、分解、分泌作用，影响到土壤营养养分的变化。如果土壤养分太低，微生物肥料（菌剂）也无力回天，还得加施有机肥

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